Im Obergeschoss finden noch heute die Aufbahrungen der Verstorbenen statt, bevor diese beigesetzt werden.
Eidgenössischer Denkmalschutz
Das Beinhaus steht unter eidgenössischem Denkmalschutz und wurde zwischen 1985-1988 sanft unter dem Grundsatz renoviert, dass verschiedene nachträgliche Veränderungen wieder in den Urzustand zurückversetzt wurden.
Die eindrückliche Schädelwand besteht hauptsächlich aus Gebeinen vom alten Friedhof, der bis 1869 rund um die Kirche angelegt war. Einzelne Totenköpfe tragen Namen von Hingeschiedenen, und so manch Natischer weiss noch heute, an welchem Platz sich die Schädel seiner Urahnen befindet. Aufgrund von Berechnungen vermutet man ca. 31'000 Schädel im Beinhaus, wovon 1'857 an der Front sichtbar sind. Diese riesige Zahl überraschte selbst Experten.
Vor Diebstahl geschützt
Um dem Diebstahl der Schädel entgegenzuwirken, wurde die Öffnung gegen Norden mit Gitterstäben verschlossen.
Die Inschrift «Was ihr seid, das waren wir / Was wir sind, das werdet ihr» soll Gläubige an die Vergänglichkeit des irdischen Seins erinnern.